但是医疗保险年限不够，补交时单位还要交单位该承担的部分吗？

你好，若单位没有为劳动者缴纳医疗保险的，劳动者可以到相关部门进行投诉处理，维护自己的权益。
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有社保补交纠纷时可以向人社局反映，投诉或举报。
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你好，由单位代交医疗保险的，即单位与个人共同缴费，这样，单位缴纳一部分，个人交纳一部分，按照个人上年的月平均工资收入，按一定比例缴纳。个人部分将按照个人的上年月平工资8%交纳养老保险，2%交纳医疗保险，0.5-1%交纳失业保险。